Группа исследователей из Великобритании и Гамбии предложила новый подход к диагностике туберкулеза, основанный на секвенировании ДНК, выделенной из мокроты пациента. Так называемый «метод дробовика» позволяет сравнительно быстро выявить и определить характеристики возбудителя заболевания, избавляя от необходимости длительного культивирования бактерии в лабораторных условиях.

К недостаткам стандартной лабораторной диагностики туберкулеза, не менявшейся с 1880-х годов, относится не только длительность процесса (культивирование образцов мокроты может занимать недели и месяцы), но и сложность определения с помощью обычного микроскопа штаммов возбудителя инфекции, а также трудность диагностики в случае смешанной инфекции. Профессор Марк Пэллен (Mark Pallen) из Школы медицины Уорвикского университета (Великобритания) и его коллеги предлагают заменить этот устаревший способ современными методами метагеномики, позволяющими избежать всех перечисленных недостатков.

Для определения бактериального генома Пэллен и его сотрудники применили «метод дробовика», используемый при секвенировании длинных участков ДНК. Суть его состоит в дроблении генома на случайные фрагменты, которые затем секвенируют обычными методами. Полученные таким образом перекрывающиеся нуклеотидные последовательности затем собирают с помощью специальных программ в единое целое. С помощью настольного секвенатора Illumina MiSeq ученые выявили ДНК туберкулезной бактерии во всех восьми исследуемых образцах мокроты и смогли определить штамм возбудителя в семи из них. Процесс занял один-два дня.

Проведенное исследование было призвано принципиально подтвердить возможность использования метода для диагностики туберкулеза. Теперь группа Пэллена планирует продолжить изучение его возможностей на более широком спектре образцов.