Несмотря на прогнозы эпидемиологов, уверявших осенью 2012 года, что разработанная вакцина хорошо защитит от вируса гриппа из-за высокого соответствия вирусного штамма и вакцины, оказалось, что ее эффективность была менее 50%. Частота госпитализаций и смертей из-за осложнений гриппа была в 2012–2013 годах наивысшей. Известно, что вирус гриппа постоянно эволюционирует. Для разработки эффективной противовирусной вакцины необходимо учитывать возникающие каждый год изменения.

Исследователи из Центра контроля заболеваний в Британской Колумбии (Канада) под руководством Дануты Сковронски (Danuta Skowronski) выяснили, что штамм вируса H3N2, выбранный для разработки вакцины Всемирной организацией здравоохранения, действительно был схож с распространенным вирусом дикого типа. Для изготовления вакцины используются быстрорастущие вирусные штаммы, специально адаптированные для выращивания в куриных яйцах. В штамме, отобранном для производства вакцины, авторы обнаружили 3 мутации, влияющие на структуру поверхностного белка гемагглютинина, важного для дальнейшего формирования иммунного ответа.

Исследователи выяснили, что подобная ситуация сложилась и при разработке вакцин против гриппа для использования в 2013 и 2014 годах. Возможно, что это происходило и ранее, что указывает на необходимость более тщательного изучения генома штаммов, отобранных и адаптированных для производства вакцины. Ученые также призывают отказаться от технологии с использованием куриных яиц в пользу новых, более современных методик.