Мочеполовые микоплазменные инфекции могут быть острыми, хроническими и бессимптомными. Латентная (скрытая) инфекция под действием стрессовых факторов (переохлаждение, физическая нагрузка, стресс, снижение иммунитета и др.) может обостриться и привести к развитию тяжелых воспалений половых органов, мочевого пузыря и почек. Из возможных осложнений у женщин можно отметить бесплодие и самопроизвольные выкидыши, нарушение менструального цикла, у мужчин — острые и хронические простатиты, половая слабость и бесплодие.

Встречаются случаи, когда из-за невысокой патогенности возбудителей с одной стороны и из-за хорошего состояния иммунной системы организма с другой микоплазмы длительное время (вплоть до нескольких лет) никак не проявляют себя. Эта ситуация называется носительством инфекции, и она представляет собой значительную опасность. Уреаплазма может создать подходящий фон для развития других заболеваний, и человек-носитель становится значительно более восприимчив к любым другим инфекциям, особенно венерическим.

Если беременная женщина является носителем микоплазмы, то ребенок может заразиться от матери во время родов при прохождении по родовым путям. У женщины при этом заболевание переходит в значительно более тяжелую и распространенную форму. В крайне редких случаях ребенок заражается микоплазмозом внутриутробно, но все же чаще плацента надежно защищает его от этих опасных возбудителей. При отсутствии лечения мико-уреаплазмоз у беременной женщины часто становится причиной самопроизвольного прерывания беременности на ранней стадии, преждевременных родов и вообще осложнение течения беременности.