Для того чтобы получить четкую картину эволюции вирусов, исследователи сосредоточились на огромном репертуаре белковых структур, так называемых «складок», которые кодируются в геномах все клеток и вирусов.

«Складки» – структурные строительные блоки протеинов, которые придают им сложные трехмерные формы. Сравнивая складчатые структуры клеток из разных ветвей древа жизни, ученые смогли восстановить историю эволюционных изменений как складок, так и целых организмов.

Затем исследователи решили проанализировать, каким образом сворачиваются протеины: последовательности, которые кодируют вирусные геномы, подвержены быстрым изменениям, поэтому высокие темпы их мутаций могут скрывать глубокие эволюционные сигналы. Белковые «складки» могут служить в качестве маркеров древнейших событий, потому что их трехмерные структуры моджно перевести в код нуклеотидных последовательностей, кодирующих их изначальное изменение менять.

При помощи передовых методов биоинформатики исследователи проанализировали все известные 5080 «складок» из клеток организмов, представляющих все ветви дерева жизни, в том числе 3 460 вирусных. После этого они определили 442 универсальных механизма сворачивания протеинов, общих клеток и вирусов, а также 66 таких, что являются уникальными для вирусов.